首先，签发单位不同。医保电子凭证是由国家医疗保障局签发的，而电子社保卡是由国家人力资源和社会保障部签发的。
其次，领取条件不同。医保电子凭证是只要参与了医保的用户就可以激活、领取，而电子社保卡必须是在办理了实体社保卡的基础上才能激活和领取
医保移动支付是实现医疗支付全覆盖的核心，医保移动支付的实现意味着对所有自费和医保的就诊人都能在就医过程中实行移动支付。医保移动支付从实现途径上去区分主要有两种，一种是社保局或者医院选择与支付宝、腾讯等互联网公司合作,借助支付宝、微信等平台实现移动支付功能。比如，2014年5月28日广州妇女儿童医院宣布加入支付宝的“未来医院”计划，实现了单个医院的实时报表。另一种是医院借助互联网企业选择自行研发带有移动支付功能的APP 软件。比如2016年3月，浙江大学医学院附属邵逸夫医院上线的“医快付”。
医保移动支付的实现途径要么是借助第三方支付平台，要么是自己开发新的支付平台，但是具体是如何实现的，医保移动支付参与的利益主体众多，包括人社局、医院、互联网企业、第三方支付平台等，全国各地都在探索实现途径的过程中经过了多方利益主体的斡旋，下面介绍目前医保移动支付的三种典型模式。